De functie berekenLSVIbasis
berekent de Lokale Staat van
Instandhouding van habitattypen op basis van opnamen, maar wat gebeurt
er eigenlijk onder de motorkap? Dit vignet geeft hier een antwoord op.
(Voor inleidende informatie over het gebruik van het package verwijzen
we naar het vignet handleiding
(vignette("Handleiding", package = "LSVI")
), en voor het
gebruik van deze berekenfunctie verwijzen we naar de help van de functie
in kwestie (?berekenLSVIbasis
.)
De gebruiker kan per opname 3 typen informatie invoeren:
De achterliggende databank bevat ook 3 soorten informatie (op te
vragen met de functie geefInvoervereisten()
):
## 'data.frame': 21 obs. of 32 variables:
## $ Versie : chr "Versie 2.0" "Versie 2.0" "Versie 2.0" "Versie 2.0" ...
## $ Habitattype : chr "4030" "4030" "4030" "4030" ...
## $ Habitatsubtype : chr "4030" "4030" "4030" "4030" ...
## $ Criterium : chr "Structuur" "Structuur" "Verstoring" "Verstoring" ...
## $ Indicator : chr "ouderdomsstructuur Struikheide" "ouderdomsstructuur Struikheide" "vergrassing/verruiging" "vergrassing/verruiging" ...
## $ Beoordeling : chr "B: 2 tot 3 stadia aanwezig" "A: alle stadia aanwezig" "A: < 30%" "B: 30-50%" ...
## $ Kwaliteitsniveau : int 1 2 2 1 1 2 2 1 1 1 ...
## $ Belang : chr "b" "b" "zb" "zb" ...
## $ BeoordelingID : int 321 322 323 324 317 318 319 320 1069 1069 ...
## $ Combinatie : chr "297" "298" "1761" "1760" ...
## $ VoorwaardeID : int 297 298 1761 1760 769 771 1586 1588 306 2136 ...
## $ Voorwaarde : chr "aantal ouderdomsstadia" "aantal ouderdomsstadia" "bedekking vergrassing/verruiging" "bedekking vergrassing/verruiging" ...
## $ Referentiewaarde : chr "2" "4" "30" "50" ...
## $ Operator : chr ">=" ">=" "<" "<=" ...
## $ Maximumwaarde : num 4 4 1 1 1 1 1 1 4 2 ...
## $ AnalyseVariabele : chr "aantal" "aantal" "bedekking" "bedekking" ...
## $ Eenheid : chr NA NA "%" "%" ...
## $ TypeVariabele : chr "Geheel getal" "Geheel getal" "Percentage" "Percentage" ...
## $ Invoertype : chr NA NA NA NA ...
## $ Invoerwaarde : chr "NA" "NA" "NA" "NA" ...
## $ TaxongroepId : int NA NA 528 528 99 99 884 885 NA NA ...
## $ TaxongroepNaam : chr NA NA "vergrassing/verruiging" "vergrassing/verruiging" ...
## $ Studiegroepnaam : chr "50pioniersstadium&100ontwikkelingsstadium&150climaxstadium&200degeneratiestadium" "50pioniersstadium&100ontwikkelingsstadium&150climaxstadium&200degeneratiestadium" NA NA ...
## $ Studielijstnaam : chr "ouderdomsstadia" "ouderdomsstadia" NA NA ...
## $ Studiewaarde : chr "pioniersstadium, ontwikkelingsstadium, climaxstadium, degeneratiestadium" "pioniersstadium, ontwikkelingsstadium, climaxstadium, degeneratiestadium" "NA" "NA" ...
## $ SubAnalyseVariabele: chr NA NA NA NA ...
## $ SubEenheid : chr NA NA NA NA ...
## $ TypeSubVariabele : chr NA NA NA NA ...
## $ SubReferentiewaarde: chr NA NA NA NA ...
## $ SubOperator : chr NA NA NA NA ...
## $ SubInvoertype : chr NA NA NA NA ...
## $ SubInvoerwaarde : chr "NA" "NA" "NA" "NA" ...
Wat de functie berekenLSVIbasis()
doet na controle van
de gebruikersinvoer, is in een notendop:
Deze workflow geeft dus voorrang aan rechtstreeks ingeschatte indicatoren en voorwaarden, wat doorgaans de meest accurate waarden zijn. Dit betekent dat je als gebruiker door het opgeven van een voorwaarde met waarde NA kan aangeven dat je niet wil dat een bepaalde voorwaarde berekend wordt, omdat je weet dat het resultaat niet betrouwbaar gaat zijn (bijvoorbeeld omdat je niet van alle soorten een bedekking hebt ingeschat).
In wat volgt, wordt dieper ingegaan op de onderdelen waarin relevante ‘berekeningen’ gebeuren of die mogelijk vragen zouden kunnen oproepen:
Veel voorwaarden voor de bepaling van de LSVI zijn gebaseerd op het tellen van aantallen en/of het inschatten/berekenen van bedekkingen van soorten of kenmerken. Dit betekent dat de ‘berekening’ uitgaande van een volopname (met voor elke plantensoort een geschatte bedekking, eventueel aangevuld met andere vegetatiekenmerken) vaak een gelijkaardig stramien volgt, al zijn er soms aanzienlijke nuanceverschillen. Enkele voorbeelden om dit te illustreren.
Voor de voorwaarde ‘aantal sleutelsoorten minstens frequent aanwezig’ zal het script de volgende stappen doorlopen:
De voorwaarde ‘aantal ouderdomsstadia minstens frequent aanwezig’ kan op dezelfde manier berekend worden, maar dan op basis van een lijst (in de databank) die alle ouderdomsstadia weergeeft. En uiteraard veronderstelt dit dat de gebruiker voor deze ouderdomsstadia een bedekking invoerde in de tabel met soorten en kenmerken.
Om de voorwaarde ‘bedekking boomlaag’ te berekenen, zal het script volgende stappen doorlopen:
Het stukje ‘selecteert de soorten/kenmerken uit de opname’ komt in bijna alle voorwaarden terug. Soms moet er achteraf nog een extra selectie gebeuren, bv. enkel soorten/kenmerken die minstens/maximum een bepaalde bedekking hebben of enkel soorten uit een bepaalde vegetatielaag, soms niet. Vaak is het uiteindelijke eindresultaat een telling van het aantal soorten of een totale bedekking van alle soorten samen. Soms wordt de totale bedekking van een volledige vegetatielaag gevraagd, en dan zal de rekenmodule de berekening op basis van de volopname/soortenlijst enkel doen als de totale bedekking van de vegetatielaag niet opgegeven is.
Globaal bekeken is het aantal verschillende handelingen/berekeningswijzen (oftewel stukjes script die nodig zijn) relatief beperkt, maar zoals de ‘soms’ en de ‘vaak’ in voorgaande alinea aangeven, moeten deze wel zeer flexibel ingezet kunnen worden afhankelijk van de voorwaarde. Deze flexibiliteit is in het package opgevangen door voor elke voorwaarde de berekeningswijze als een set van ‘rekenregels’ te coderen in de databank. Zo is de voorwaarde ‘aantal sleutelsoorten minstens frequent aanwezig’ als volgt gecodeerd:
str(
geefInvoervereisten(
Versie = "versie 2.0", Habitattype = "2330_dw",
Indicator = "sleutelsoorten", Kwaliteitsniveau = 1
)
)
## 'data.frame': 1 obs. of 32 variables:
## $ Versie : chr "Versie 2.0"
## $ Habitattype : chr "2330"
## $ Habitatsubtype : chr "2330_dw"
## $ Criterium : chr "Vegetatie"
## $ Indicator : chr "sleutelsoorten"
## $ Beoordeling : chr "B: <= 3 minstens frequent aanwezig"
## $ Kwaliteitsniveau : int 1
## $ Belang : chr "b"
## $ BeoordelingID : int 212
## $ Combinatie : chr "463"
## $ VoorwaardeID : int 463
## $ Voorwaarde : chr "aantal sleutelsoorten frequent"
## $ Referentiewaarde : chr "1"
## $ Operator : chr ">="
## $ Maximumwaarde : num 3
## $ AnalyseVariabele : chr "aantal"
## $ Eenheid : chr NA
## $ TypeVariabele : chr "Geheel getal"
## $ Invoertype : chr NA
## $ Invoerwaarde : chr "NA"
## $ TaxongroepId : int 427
## $ TaxongroepNaam : chr "sleutelsoorten"
## $ Studiegroepnaam : chr NA
## $ Studielijstnaam : chr NA
## $ Studiewaarde : chr "NA"
## $ SubAnalyseVariabele: chr "bedekking"
## $ SubEenheid : chr NA
## $ TypeSubVariabele : chr "Categorie"
## $ SubReferentiewaarde: chr "f"
## $ SubOperator : chr ">="
## $ SubInvoertype : chr "TANSLEY IHD"
## $ SubInvoerwaarde : chr "A, CD, D, F, LA, LCD, LD, LF, LO, LR, LS, O, R, RA, RCD, RD, RF, RO, RR, RS, S, lf"
Scriptmatig wordt dus gecheckt welke variabelen (‘rekenregels’) in de databank ingevuld zijn en welke waarden ze hebben, en deze combinatie bepaalt welke stukjes script voor het bepalen van die voorwaarde doorlopen worden. In enkele gevallen kan een variabele ietwat contextafhankelijk zijn, dus een lichtjes andere interpretatie hebben afhankelijk van de inhoud van andere variabelen.
De belangrijkste variabele in de rekenregels is
AnalyseVariabele
. Deze verwijst rechtstreeks naar een
welbepaald script dat leidt tot de bepaling van de LSVI voor die
voorwaarde. Er zijn enkele basisscripts, zoals bv. AnalyseVariabelen
aantal
en bedekking
, die een globale workflow
bevatten die door de meeste scripts min of meer overgenomen wordt. De
afgeleide scripts (‘nakomelingen’ van aantal
of
bedekking
) doen vaak dezelfde handeling maar voorafgegaan
en/of gevolgd door een extra handeling. Zo berekent
bedekking
de totale bedekking van alle opgegeven soorten
die in de taxonlijst staan (rekening houdend met overlap), terwijl
bedekkingLaag
eerst checkt of er een totale bedekking
ingeschat is voor de opgegeven laag. Indien niet, dan gebruikt ze de
procedure van bedekking
om de totale bedekking te berekenen
voor alle soorten die in deze vegetatielaag voorkomen (op basis van een
taxonlijst die bv. alle bomen (voor boomlaag) of alle mossen (voor
moslaag) bevat).
Bij de verschillende analysevariabelen kan het gebruik of de
interpretatie van de variabelen in de databank afwijkend zijn. Zo
berekent bijvoorbeeld de AnalyseVariabele bedekkingExcl
de
totale bedekking van alle soorten van de opname behalve deze die in de
taxonlijst vermeld staan (terwijl bij andere berekeningen de soorten in
de taxonlijst net wel in beschouwing genomen worden). Om een berekening
ten volle te begrijpen, is het dus belangrijk om de beschrijvingen van
de berekeningswijzen voor de verschillende analysevariabelen verderop in
dit hoofdstuk door te nemen. Het deel van de workflow dat ze bijna
allemaal gemeenschappelijk hebben, is beschreven in een eerste
onderdeeltje AnalyseVariabele.
Meestal is er ook een variabele TaxongroepId
of een
studielijst (variabelen Studielijstnaam
en
Studiewaarde
) toegevoegd. Deze verwijzen naar de voor de
voorwaarde relevante soortenlijst(en) of kenmerken. Een voorbeeld van
een studielijst zijn de ouderdomsklassen van heide. Idee is dat de
gebruiker voor elk van de kenmerken (in dit geval ouderdomsklassen) een
waarde (in dit geval bedekking) opgeeft, en op basis hiervan wordt bv.
‘berekend’ hoeveel klassen er minstens frequent aanwezig zijn. Voor de
studielijsten staan de kenmerken rechtstreeks opgesomd onder
Studiewaarde
.
Om de tabel niet te overladen, zijn de soortenlijsten niet
rechtstreeks toegevoegd in de tabel, maar vervangen door een verwijzing
naar een TaxongroepId
. De volledige lijst van bv.
TaxongroepId
123 kan opgevraagd worden met het commando
geefSoortenlijstVoorIDs("123")
(en in de string kunnen
meerdere Id’s gescheiden door een ,
opgegeven worden).
Om een gebruiker niet te verplichten om ook alle soorten in te geven die hij niet gezien heeft, gaat de rekenmodule ervan uit dat er voor de soorten een volopname gebeurd is van zodra er minstens 1 soort toegevoegd is aan de tabel met soorten en kenmerken. Concreet zal hij in dit geval alle niet ingevoerde soorten beschouwen als afwezig of soorten met een bedekking van 0 %. Als er geen enkele soort ingevoerd is, zullen voorwaarden in verband met soorten die niet rechtstreeks ingeschat zijn, de waarde NA krijgen. En voor kenmerken is hetzelfde principe toegepast: zodra 1 kenmerk van een bepaalde studielijst opgegeven is, gaat de rekenmodule ervan uit dat de andere kenmerken van die lijst niet aanwezig waren (bv. als pioniersstatium opgegeven is, zal er voor ouderdomsklassen van uitgegaan worden dat de andere klassen afwezig waren). Ingeval van gedeeltelijke opnamen is het dus aan de gebruiker om voor elke voorwaarde in te schatten in hoeverre het resultaat betrouwbaar is en evt. rechtstreeks een waarde op te geven voor de voorwaarde.
Binnen een voorwaarde kan ook een ‘subvoorwaarde’ gedefinieerd zijn (opgesplitst in meerdere variabelen met ‘Sub’ in de naam), die een bijkomend selectiecriterium geeft dat toegepast wordt op alle soorten en/of kenmerken uit de lijst. Zo is de subvoorwaarde ‘minimaal frequent aanwezig’ uit bovenstaand voorbeeld gecodeerd met o.a.:
subAnalyseVariabele
‘bedekking’TypeSubvariabele
‘Categorie’Subreferentiewaarde
‘f’ (-> frequent)SubOperator
‘>=’Tenslotte zijn er nog een aantal variabelen die verschillen in
gebruikte schalen of meeteenheden opvangen. Zo geven
Type
(Sub
)Variabele
,
(Sub
)Invoertype
en
(Sub
)Invoerwaarde
aan wat voor variabele de
(Sub
)Referentiewaarde
in de databank is,
waardoor de gebruiker niet verplicht is om dezelfde variabele en eenheid
te gebruiken. Voor verdere uitleg hierover verwijzen we naar het
onderdeel over Bedekking en
Schalen.
Bij het berekenen van een AnalyseVariabele wordt vaak de (interne)
functie selecteerKenmerkenInOpname()
aangeroepen om de
soorten/kenmerken uit de opname van de gebruiker te selecteren. Om de
workflow van deze functie niet te herhalen in elk van onderstaande
analysevariabelen (berekeningswijzen), bespreken we hem hier apart.
In te voeren parameters voor deze functie zijn de door de gebruiker ingevoerde opname (soorten en/of kenmerken) en de velden die in de databank gedefinieerd zijn voor de voorwaarde. De workflow van de functie is als volgt:
Als een taxonlijst of studielijst vermeld is in de voorwaarde, zullen de elementen uit deze lijst geselecteerd worden in de opname van de gebruiker. Als zowel taxonlijst als studielijst vermeld zijn, dan bestaat deze studielijst altijd uit een of meerdere vegetatielagen, en dan worden de soorten uit de taxonlijst geselecteerd in de opname van de gebruiker die in de in de studielijst vermelde vegetatiela(a)g(en) voorkomen.
Als er een subvoorwaarde vermeld is in de voorwaarde, zullen uit de geselecteerde deellijst van de opname enkel de elementen geselecteerd worden die aan de subvoorwaarde voldoen (bv. minimum of maximum een bepaalde bedekking of aandeel zijn).
Zoals eerder aangegeven, zal een opname zonder soorten (ingeval van taxonlijst) of kenmerken (ingeval van studielijst) resulteren in NA.
Voor taxonlijsten is de routine iets complexer dan hierboven beschreven, maar deze details zijn uitgebreid beschreven in het hoofdstuk Afhandeling taxonlijsten.
Bij de voorwaarden met analysevariabele aantal
wordt het
aantal records (soorten of kenmerken) geteld dat door
selecteerKenmerkenInOpname()
teruggegeven wordt, dus hier
wordt simpelweg het aantal relevante soorten (ingeval van taxonlijst) of
kenmerken (ingeval van studielijst) geteld dat voorkomt in de door de
gebruiker ingegeven opname en voldoet aan een eventuele subvoorwaarde.
Als samen met een taxonlijst ook een studielijst opgegeven wordt, dan is
deze te interpreteren als een tweede subvoorwaarde. In de praktijk gaat
het hier over de vegetatielaag waarin de soorten moeten voorkomen.
Bij de voorwaarden met analysevariabele bedekking
wordt
de totale bedekking berekend van de records (soorten of kenmerken) die
door selecteerKenmerkenInOpname()
teruggegeven worden, dus
hier wordt de totale bedekking berekend van de relevante soorten
(ingeval van taxonlijst) of kenmerken (ingeval van studielijst) die
voorkomen in de door de gebruiker ingegeven opname en voldoen aan een
eventuele subvoorwaarde. Als samen met een taxonlijst ook een
studielijst opgegeven wordt, dan is deze te interpreteren als een tweede
subvoorwaarde. In de praktijk gaat het hier over de vegetatielaag waarin
de soorten moeten voorkomen.
Voor de berekening van de totale bedekking wordt gebruik gemaakt van de formule van Fisher:
$$ b_{tot} = 1 - \prod_{i=1}^n (1 - b_{i})$$ met btot de totale bedekking in proportie (dus percentage / 100), bi de bedekking van de individuele soorten in proportie (dus percentage / 100) (en ∏ het product)
Deze formule geeft uiteraard maar een benaderende waarde die minder accuraat is dan een rechtstreekse inschatting van de totale bedekking van de soorten van de lijst samen (dus gebruik maken van rechtstreekse inschattingen heeft de voorkeur als deze beschikbaar zijn). In tegenstelling tot een gewone som van bedekkingen, gaat ze uit van een gedeeldelijke overlap van soorten, wat vaak een betere benadering zal zijn. Een ander pluspunt is dat het resultaat (de totale bedekking) nooit meer dan 1 of 100 % zal zijn.
Bij de analysevariabele bedekkingExcl
gaat de voorwaarde
over de totale bedekking van de soorten/kenmerken die niet in een lijst
voorkomen, bv. alle soorten behalve de sleutelsoorten.
Bij voorwaarden met deze analysevariabele worden de soorten/kenmerken
geselecteerd op basis van een functie
deselecteerKenmerkenInOpname()
, die in de opname van de
gebruiker de soorten/kenmerken schrapt die in de taxonlijst/studielijst
voorkomen (en de overblijvende soorten/kenmerken vormen de selectie).
Verder gebeurt de berekening analoog aan deze van de analysevariabele bedekking
: met de formule van Fisher
wordt de totale bedekking van deze selectie berekend.
Bij de analysevariabele bedekkingLaag
gaat de voorwaarde
over de totale bedekking van een vegetatielaag, bv. de boom- en
struiklaag of de moslaag. In dit geval is de vegetatielaag in kwestie
als studielijst ingegeven (met evt. de verschillende deellagen zoals
boomlaag en struiklaag ook vermeld als aparte items), en de taxonlijst
bevat een lijst van alle soorten die in deze laag voorkomen.
Bij voorwaarden met deze analysevariabele zal eerst gecheckt worden of kenmerken uit de studielijst voorkomen in de opname van de gebruiker.
bedekking
nadat eerst
TaxongroepId
uit de voorwaarden geschrapt is, dus de
selectie van de lagen gebeurt op basis van enkel de studielijst)bedekking
(dus de
studielijst met de vegetatielaag blijft behouden, waardoor enkel soorten
uit die laag geselecteerd zullen worden)De analysevariabele bedekkingLaagExcl
is zeer analoog
aan bedekkingLaag
, maar lost
een taxonlijst-gerelateerd probleem op dat voorkomt bij de taxonlijst
van de boomlaag. Om ervoor te zorgen dat ook in de opname van de
gebruiker ingevoerde genera als boom beschouwd worden, bestaat de lijst
van bomen en struiken uit genera. Lagere taxonomische niveaus worden
automatisch ook meegenomen (zie Afhandeling
taxonlijsten). Er is echter 1 moeilijkheid: Salix repens
zou niet meegenomen mogen worden want dit is geen boom (die wel in de
struiklaag zou kunnen voorkomen). Anderzijds zijn er een aantal moeilijk
te determineren Salix-soorten die evt. als genus in een opname
zou kunnen voorkomen, maar die allen bomen zijn. We gaan ervan uit dat
Salix repens wel herkend wordt en dus tot op soortniveau in een
opname toegevoegd zal worden, en enkel moeilijk te herkennen
Salix-soorten als genus toegevoegd worden. Vanuit die
redenering worden ‘Salix sp.’ en de Salix-soorten als
boom beschouwd, met uitzondering van Salix repens.
Dit probleempje heeft aanleiding gegeven voor een nieuwe
analysevariabele, die uiteraard ook ruimer gebruikt kan worden. Bij
voorwaarden met deze analysevariabele verwijst het
TaxongroepId
naar een taxonlijst bestaande uit 2
sublijsten: een lange lijst (bv. alle genera van bomen) en een kort
lijstje (bv. Salix repens).
Bij de berekening zal eerst gecheckt worden of er inderdaad 2
sublijsten zijn, en in dat geval zullen als een eerste stap de taxa van
het kortste lijstje geschrapt worden in de lijst van de taxa met het
langste lijstje (in een lijst waarin alle mogelijke taxonniveaus
toegevoegd zijn). Daarna zal met de eventueel aangepaste taxonlijst de
voorwaarde uitgerekend worden volgens analysevariabele bedekkingLaag
.
Bij de analysevariabele bedekkingLaagPlus
gaat de
voorwaarde over de totale bedekking van een vegetatielaag en een
taxongroep, bv. de bedekking van de moslaag en klimop. Verschillend van
bedekkingLaag
verwijst het
TaxongroepId
naar een taxonlijst met 2 taxonsublijsten (zie
Afhandeling taxonlijsten): een lange lijst
met alle soorten van de vegetatielaag die in studielijst vermeld is (in
het voorbeeld alle mossen), en een korte lijst met de soorten waarvan de
bedekking hierbij opgeteld moet worden (in het voorbeeld klimop).
Bij de berekening zal eerst gecheckt worden of er inderdaad 2
sublijsten zijn, en in dat geval worden deze opgesplitst in 2 lijsten.
Op basis van de kortste lijst wordt de bedekking van deze soort(en)
berekend volgens de analysevariabele bedekking
(waarbij de studielijst
buiten beschouwing gelaten wordt). Op basis van het langste lijst en de
studielijst wordt de bedekking van de vegetatielaag berekend volgens de
analysevariabele bedekkingLaag
. Daarna wordt de
voorwaarde berekend door beide bedekkingen op te tellen volgens de
formule van Fisher (zie onder bedekking).
(Ingeval er geen 2 sublijsten zijn, zal de voorwaarde als weergegeven in
de databank, berekend worden volgens analysevariabele bedekkingLaag
).
Bij de analysevariabele bedekkingSom
gaat de voorwaarde
over de totale bedekking van een taxongroep en een studiegroep, bv. de
bedekking van pioniersvegetatie en open zand.
De bedekkingen worden berekend volgens de analysevariabele bedekking
voor enerzijds de
studielijst (waarbij TaxongroepId
buiten beschouwing
gelaten wordt), en anderzijds voor TaxongroepId
(waarbij de
studielijst buiten beschouwing gelaten wordt). Daarna wordt de
voorwaarde berekend door beide bedekkingen op te tellen. Vermits de
studielijst doorgaans geen vegetatie bevat, wordt niet uitgegaan van een
gedeeltelijke overlap en wordt een gewone som gebruikt.
Bij de voorwaarden met analysevariabele maxBedekking
wordt de maximale bedekking geselecteerd uit de records (soorten of
kenmerken) die door selecteerKenmerkenInOpname()
teruggegeven worden (zie onder AnalyseVariabele), dus hier wordt de soort
of kenmerk met de hoogste bedekking geselecteerd uit de relevante
soorten (ingeval van taxonlijst) of kenmerken (ingeval van studielijst)
die voorkomen in de door de gebruiker ingegeven opname en voldoen aan
een eventuele subvoorwaarde. Als samen met een taxonlijst ook een
studielijst opgegeven wordt, dan is deze te interpreteren als een tweede
subvoorwaarde. In de praktijk gaat het hier over de vegetatielaag waarin
de soorten moeten voorkomen.
De analysevariabele maxBedekking2s
is gelijkaardig aan
maxBedekking
met als enige
verschil dat bij 2 of meer aanwezige soorten of kenmerken, de
bedekkingen van de 2 soorten/kenmerken met de hoogste bedekking opgeteld
worden volgens de formule van Fisher (zie onder bedekking).
Bij de analysevariabele maxBedekkingExcl
gaat de
voorwaarde over de maximale bedekking van de soorten/kenmerken die niet
in een lijst voorkomen, bv. alle soorten behalve de sleutelsoorten.
Bij voorwaarden met deze analysevariabele worden de soorten/kenmerken
geselecteerd op basis van een functie
deselecteerKenmerkenInOpname()
, die in de opname van de
gebruiker de soorten/kenmerken schrapt die in de taxonlijst/studielijst
voorkomen (en de overblijvende soorten/kenmerken vormen de selectie).
Verder gebeurt de berekening analoog aan deze van de analysevariabele maxBedekking
: de soort of kenmerk
met maximale bedekking wordt geselecteerd uit de selectie.
Bij de analysevariabele aandeel
gaat de voorwaarde over
grondvlakken of volumes van bomen. Terwijl alle andere analysevariabelen
enkel door gebruikers ingevoerde records in beschouwing nemen waarbij
Eenheid
niet gelijk is aan ‘grondvlak_ha’ of ‘volume_ha’,
zal deze analysevariabele deze records net wel in beschouwing nemen (en
alle andere records wissen).
Om het totale grondvlak of volume te berekenen van de relevante
soorten, wordt de som genomen van de grondvlakken/volumes van de records
(in principe soorten, maar voor kenmerken zou het technisch ook werken)
die door selecteerKenmerkenInOpname()
teruggegeven worden
(zie onder AnalyseVariabele), dus hier
wordt het totale grondvlak of volume berekend van de relevante soorten
(uit taxonlijst) die voorkomen in de door de gebruiker ingegeven opname
en voldoen aan een eventuele subvoorwaarde. Als samen met een taxonlijst
ook een studielijst opgegeven wordt, dan is deze te interpreteren als
een tweede subvoorwaarde. In de praktijk gaat het hier over de
vegetatielaag waarin de soorten moeten voorkomen.
Om tenslotte het aandeel te berekenen, wordt het bekomen grondvlak of
volume gedeeld door het totale grondvlak of volume van alle opgegeven
soorten, wat de som is van alle soorten in de opname met
Eenheid
‘grondvlak_ha’ of ‘volume_ha’.
De analysevariabele aandeelKruidlaag
heeft eigenlijk een
ietwat slecht gekozen naam, omdat de functie in principe het aandeel ten
opzichte van eender welke vegetatielaag berekent. Bij voorwaarden met
deze analysevariabele verwijst TaxongroepId
naar een lijst
met de relevante soorten om het aandeel te berekenen, en studielijst
vermeldt de vegetatielaag waarin dit aandeel bestudeerd wordt.
De totale bedekking van de relevante soorten wordt berekend door de
voorwaarde (met TaxongroepId
en studielijst) te berekenen
volgens de analysevariabele bedekking
. Voor de totale bedekking
van de vegetatielaag zal eerst gecheckt worden of het kenmerk uit de
studielijst (de vegetatielaag) voorkomt in de opname van de
gebruiker.
Om de voorwaarde te berekenen, zal de totale bedekking van de relevante soorten gedeeld worden door de totale bedekking van de vegetatielaag.
De analysevariabele aantalGroepen
gaat specifiek over
kenmerken die eigenlijk soortenlijsten zijn, bv. helofyten. Deze
kenmerken zijn in de databank enerzijds weergegeven in de studielijst,
en anderzijds verwijst het TaxongroepId
naar een taxonlijst
met meerdere taxonsubgroepen die elk overeenkomen met een van de
kenmerken (en die de relevante soorten bevatten).
Bij voorwaarden met deze analysevariabele zal eerst gecheckt worden of kenmerken uit de studielijst voorkomen in de opname van de gebruiker.
aantal
nadat eerst
TaxongroepId
uit de voorwaarden geschrapt is)aantal
. (Zoals beschreven in Afhandeling taxonlijsten hieronder, zal de
aggregatie van de opgegeven soorten - die nu als subsoorten beschouwd
worden - gebeuren door de totale bedekking te berekenen en op de
resulterende lijst de eventuele subvoorwaarde uit te voeren, waarna het
aantal originele taxonsubgroepen - nu hernoemd als soorten - geteld
wordt.)De analysevariabele scoresom
wordt gebruikt voor een
specifieke berekeningswijze voor de beoordeling van de vegetatie
(sleutelsoorten) van habitatsubtype 2190_a. Hierbij worden de
abundanties van de individuele taxa gescoord volgens 1 - zeldzaam, 2 -
occasioneel, 3 - frequent, 4 - abundant, 5 - codominant en 6 - dominant,
en hiervan wordt de som genomen.
De analysevariabele meting
(of meting_xxx
)
staat in de databank bij voorwaarden waarvoor geen specifieke
berekeningswijze ontwikkeld is. Voorlopig is de bedoeling dat voor deze
voorwaarden een waarde ingevoerd wordt via
Data_voorwaarden
; de berekening van deze analysevariabele
geeft een foutmeldig als dit niet het geval is. Idee is om op termijn op
zoek te gaan naar een oplossing om ingevoerde kenmerken in de mate van
het mogelijke toch te koppelen aan voorwaarden van deze
analysevariabele.
Idealiter worden de door de gebruiker ingevoerde taxonnamen herkend en correct behandeld bij de berekening. Om dit zo goed mogelijk op te vangen, bevat de databank:
Voor Latijnse namen gebeurt herkenning op basis van genusnaam +
soortnaam + evt. subsoortnaam/variëteit/…. Om de koppeling met namen uit
de databank toe te laten, worden de door een gebruiker ingevoerde namen
deze eerst scriptmatig aangepast naar dit formaat met de functie
parseTaxonnaam()
(waarbij o.a. auteursnamen worden
weggelaten zodat verschillen in schrijfwijzen of al dan niet gebruiken
van een ‘.’ hierin geen probleem vormen). Bij Nederlandse namen moet de
schrijfwijze wel exact hetzelfde zijn om herkenning toe te laten.
Als de gebruiker een onbekende naam invoert, krijgt hij een waarschuwing en wordt deze naam bij de berekeningen buiten beschouwing gelaten (ook voor bv. de berekening van een totale bedekking van alle soorten of een bepaalde vegetatielaag). Anders wordt de naam omgezet naar de NbnTaxonVersionKey van de ‘preferred name’, die intern gebruikt wordt voor de verdere berekeningen. Als gebruiker kan je ook rechtstreeks deze unieke code invoeren (dan gebeurt de hier beschreven stap om de naam te herkennen niet).
Bij het selecteren van soorten uit de opname op basis van een
taxonlijst in de databank (met
selecteerKenmerkenInOpname()
, zie onder AnalyseVariabele), wordt voor de taxa in de
databank eerst gecheckt of ze in de opname voorkomen. Als een taxon niet
gevonden wordt (bv. Quercus), wordt gezocht of taxa van een
lager niveau wel in opname voorkomen (bv. Quercus robur,
Quercus petraea,…). Als er meerdere taxa van dit lagere niveau
voorkomen, dan worden deze bedekkingen geaggregeerd door middel van de
formule van Fisher (zie onder bedekking). Op
deze lijst gebeurt de uiteindelijke bewerking als beschreven bij de
analysevariabelen (aantallen tellen, bedekkingen aggregeren,…).
Een soortenlijst met toevoeging van deze taxa van lagere niveaus kan
opgevraagd worden door bij functies geefSoortenlijst()
of
geefSoortenlijstVoorIDs()
de parameter
Taxonlijsttype = "alle"
toe te voegen. In de verkregen
lijst zijn de taxa van het hoogste niveau de records waar
TaxonId
en SubTaxonId
dezelfde waarde hebben.
De taxa van een lager niveau hebben hier een verschillende waarde, en ze
hebben dezelfde TaxonId
als het bijhorend taxon van het
hoogste niveau.
Voor enkele analysevariabelen (bedekkingLaagPlus
, bedekkingLaagExcl
en aantalGroepen
) zijn 2
soortenlijsten nodig voor de berekening. Dit is opgelost door een lijst
te maken (aangeduid met eenzelfde TaxongroepId
) met 2
sublijsten (elk aangeduid met eenzelfde TaxonsubgroepId
).
Bij bedekkingLaagPlus
en
bedekkingLaagExcl
wordt
deze lijst op basis van TaxonsubgroepId
opgesplitst in 2
afzonderlijke lijsten, en de bewerking gebeurt op lijsten zonder
sublijsten. Bij aantalGroepen
)
zijn de Id’s hernoemd om code van analysevariabele aantal
te kunnen herbruiken:
TaxonsubgroepId
-> TaxonId
zodanig dat
de originele TaxongroepId
’s aanzien worden als de items
(soorten) die geteld moeten wordenTaxongroepId
-> TaxonsubgroepId
zodanig
dat de nieuwe TaxonId
’s onder 1 taxonsubgroep vallenOok bij andere analysevariabelen kan een taxonlijst opgesplitst zijn in sublijsten, meestal als gevolg van het feit dat deze sublijsten bij andere voorwaarden als aparte lijst gebruikt worden. In deze gevallen is de opsplitsing in sublijsten een louter praktisch gegeven en heeft het geen invloed op de berekening.
Ook voor de invoer van bedekkingen heeft de gebruiker enige flexibiliteit en is hij niet verplicht om dezelfde bedekkingsschaal te gebruiken als de opgegeven grenswaarde bij de voorwaarde in kwestie. Een gebruiker kan een bedekking invoeren op 3 manieren:
Er moet wel telkens aangegeven worden over welk type variabele het
gaat (TypeVariabele
, bv. Percentage, Decimaal getal,
Categorie) en bij een categorische variabele moet ook de gebruikte
schaal opgegeven worden (Invoertype
, bv. TANSLEY IHD). Bij
een interval wordt het type opgegeven van de variabelen die als onder-
of bovengrens opgegeven zijn, bv. Percentage of Decimaal getal.
Voor de berekeningen worden deze waarden intern omgezet naar
intervallen. De onder- en bovengrenzen die hierbij voor de verschillende
schalen gehanteerd worden, kunnen opgevraagd worden via
geefVertaallijst(ConnectiePool)
. De berekeningen gebeuren
voor de boven- en ondergrens afzonderlijk, met als resultaat een nieuw
interval. Voor de
weergave van het resultaat worden voor rechtstreeks ingevoerde
voorwaarden de door de gebruiker opgegeven waarden overgenomen;
berekende waarden worden weergegeven in dezelfde schaal als de
voorwaarde (LSVI-criterium).
Om de status van een voorwaarde te berekenen, worden de onder- en
bovengrenzen met elkaar vergeleken (gebruik makend van functie
berekenStatus()
):
Het resultaat is telkens een logische waarde die aangeeft of de voorwaarde gunstig (TRUE) of ongunstig (FALSE) scoort.
Om de status van een indicator te berekenen, wordt de aggregatie
uitgevoerd die bij geefInvoervereisten()
in het veld
Combinatie
weergegeven is (meestal een combinatie van
voorwaarden met operatoren AND en OR), waarbij de resultaten TRUE/FALSE
ingevuld worden bij de respectievelijke voorwaarden (gebruik makend van
functie combinerenVoorwaarden()
).
Voor de aggregatie naar hogere niveaus (criterium en volledige
opname) worden deze resultaten normaal verder geaggregeerd met een
AND-operator (als parameter aggregatiemethode de default ‘1-out-all-out’
is). Als een gebruiker kiest voor de aggregatiemethode ‘RapportageHR’,
dan wordt rekening gehouden met het feit of een indicator belangrijk
(Belang
= ‘b’) of zeer belangrijk is (Belang
=
‘zb’). De beoordeling is gunstig (TRUE) als meer dan 50 procent van de
indicatoren gunstig zijn EN als geen enkele zeer belangrijke indicator
ongunstig is.
Eerst worden verschilscores voor elk van de voorwaarden berekend met
de functie berekenVerschilscores()
:
Om de verschilscore van een indicator te berekenen, wordt rekening
gehouden met de aggregatie die bij geefInvoervereisten()
in
het veld Combinatie
weergegeven is (meestal een combinatie
van voorwaarden met operatoren AND en OR). Net als bij status worden de
resultaten, in dit geval de verschilscores, ingevuld bij de
respectievelijke voorwaarden. Voor de berekening wordt bij de
AND-operator het minimum van beide scores genomen, en bij de OR-operator
het maximum. Deze berekening gebeurt met de functie
combinerenVerschilscore()
.
Voor de aggregatie naar het criterium worden deze resultaten op 2 manieren verder geaggregeerd:
Voor de aggregatie naar de volledige opname worden dezelfde 2
aggregatiemethoden opnieuw gebruikt uitgaande van de geaggregeerde
resultaten op criteriumniveau.
Doordat de verschilscore index_min volgens de 2 methoden geaggregeerd
wordt, resulteert dat in 3 verschillende eindscores van streng naar
liberaal: